壹、期刊論文
1.齊茂吉，1986，〈五０代至六０代中共軍內衝突演變之研究〉《國立中央大學人文學報》，第5期，頁119-158。
2. 齊茂吉，1987，〈關於研究中共軍隊的幾個問題〉，《國立中央大學人文學報》，第6期，頁99-126。
3. 齊茂吉，1991，〈評析大陸政策的形成－並兼論「國家統一綱領」的制定〉，《中華戰略季刊》，第80期，頁117-123。
4. 齊茂吉，1994，〈中共國防戰略意圖之探討及其影響〉，《中華戰略季刊》，第83期，頁71-90。
5. 齊茂吉，1995，〈毛澤東、彭德懷合作及衝突的軍事背景〉，《國立中央大學人文學報》，第13期，頁71-88。
6. 齊茂吉，1995，〈毛澤東與反右運動〉，《中華戰略季刊》，第84期，頁81-109。
7. 齊茂吉，2006，〈毛澤東欽定林彪為接班人之探討〉，《兩岸發展史研究》，第2期，頁199-227。
8. 齊茂吉，2006，〈五○年代毛澤東對臺灣問題的思考與轉變〉，《兩岸發展史研究》，創刊號，頁105-135。
9. 齊茂吉，2007，〈林彪與江青交惡之始末〉，《兩岸發展史研究》，第3期，頁125-163。
10. 齊茂吉，2008.6，〈毛澤東整肅林彪事件新探〉，《兩岸發展史研究》，第5期，頁169-224。
11. 齊茂吉，2009.12，〈「九一三事件」之新探〉，《兩岸發展史研究》，第8期，頁159-220。
貳、專書
1. 齊茂吉，1991，《蔣中正先生與台灣安全－由古寧頭戰役到八二三戰役》，台北：黎明文化事業股份有限公司。
2. 齊茂吉，1997，《毛澤東與彭德懷、林彪的合作及衝突》，台北：新新聞出版社。
參、專書論文
1. 齊茂吉，1985，〈中共「十三大」後軍人角色之探討〉，《中華戰略學會大陸研究會會員論文集》，台北：中華戰略學會。
2. 齊茂吉，1998，〈韓戰及台海二次危機對台灣安全之影響〉，《台灣與四鄰論文集》，台北：南天書局出版社，頁69-91。
肆、研討會論文
1.齊茂吉，2006.9.21，〈上海合作組織與中共的邊防戰略〉，「上海合作組織現況與展望學術會議」，清雲技術大學歐亞研究中心主辦。
2.齊茂吉，2012年3月27、28日，〈馬克思主義與中國知識份子—以陳獨秀及毛澤東為例〉，「世變下的中國知識份子與文化學術研討會」，桃園：中央大學。
3. 齊茂吉，2012.11.14，〈毛澤東和中國民族主義〉，「世變下的中國知識分子與文化」101年度第四次學術交流座談會，國立中央大學主辦。
4. 齊茂吉，2013.10.31-2013.11.1，〈清末民初知識份子的蛻變〉，「世變下的中國知識分子與文化」102年度國際學術交流座談會，國立中央大學主辦。
伍、其他論著
1. 王次澄、齊茂吉主編，2013，《融通與新變：世變下的中國知識分子與文化》，臺北：華藝學術出版社。
2. 齊茂吉，2016，《林彪政變》，紐約：明鏡出版社。
