清季臺灣開港通商之後，西式醫療亦隨之進入臺灣，以長老教會醫療傳教士與海關醫員為兩大管道，而在觀察與解讀本地傳統醫療上留下極有意義的史料。過去對於長老教會為主的西式醫療已有若干研究，但對於外籍海關醫員了解不多，故本文探討進駐臺灣關（含臺灣府與打狗）與淡水關（含淡水與雞籠）的外籍海關醫員對駐紮地的疾病觀察及其醫療行為，以促進對清季臺灣疾病與西式醫療的了解。
　　首先值得注意的，就是海關醫員多以環境因素或生活習慣來解釋致病原因。此因十九世紀的英國醫生受到整體論的環境醫學（environmental medicine）影響，普遍以之說明疾病的產生，而不太能接受疾病是由特定微生物引起的這種簡單看法。在他們留下的史料中，亦針對氣候地理環境、衛生習慣與疾病之關聯性，提出相關之醫療衛生建議。
　　海關醫員對於台灣民眾的求醫與民俗醫療亦加以注意。由於西式醫療與當時臺灣傳統疾病治療大為不同，他們注意到本地人對西式醫療的看法，發現本地人尋求西醫診治的病症以瘧疾、皮膚病及外科病症較多，此可能與西醫具有中醫或民俗療法所缺乏的診治技術或藥物，甚至與看病費用低廉或免費有關。雖然多數醫員認為本地療法是迷信的，但也有一些醫員承認本地藥物在治療皮膚等疾病也能發揮功效而採用。這些醫員亦呼籲反對屍體解剖的本地人能接受驗屍，以查驗死因與增進病理上的醫學知識。