壹、期刊論文
1. 吳振漢，1982，〈明代奴僕的生活概況〉，《史原》，第12期，頁27-64。
2. 吳振漢，1982，〈明代的主僕關係〉，《食貨月刊》，第12卷4、5期，頁27-43。
3. 吳振漢，1984，〈評介森正夫著《奴變、抗租》〉，《史原》，第13期，頁237-240。
4. 吳振漢，1998，〈台灣現代工業發展初期政商間的仲介人物1950-1960〉，《國立中央大學人文學報》，第16期，頁91-121。
5. 吳振漢，1999，〈王世貞《史乘考誤》所論嘉隆之際史事考釋〉，《國立中央大學人文學報》，第17期，頁65-92。
6. 吳振漢，1999，〈王守仁撫贛時期的文人領軍〉，《國立中央大學人文學報》，第19期，頁35-67。
7. 吳振漢，2000，〈明代前期內閣與吏部主導人事之變遷〉，《國立中央大學人文學報》，第22期，頁71-95。
8. 吳振漢，2001，〈吳宓與毛彥文─鉅變時代下的兩性關係〉，《國立中央大學人文學報》，第23期，頁235-267。
9. 吳振漢，2002，〈明代中葉私修國史之探析〉，《史匯》，第6期，頁1-21。
10. 吳振漢，2003，〈宋端儀《立齋閒錄》研析〉，《國立中央大學人文學報》，第27期，頁1-23。
11. 吳振漢，2003，〈明代邸報的政治功能與史料價值〉，《國立中央大學人文學報》，第28期，頁1-31。
12. 吳振漢，2004，〈一則明末邸報新聞小考〉，《史匯》，第 8 期，頁1-4。
13. 吳振漢，2004，〈明代贓罰探析〉，《明代研究》，第7期，頁1-28。
14. 吳振漢，2006，〈明代塘報的軍事功能與史料價值〉，《人文學報》，第30期，頁209-238。
15. 吳振漢，2008，〈明代非殉節型自殺行為探究〉，《兩岸發展史研究》，第5期，頁1-36。
16. 吳振漢，2008，〈高攀龍與王國維之死比較分析〉，《史匯》，第12期，頁1-7。
17. 吳振漢，2009，〈明儒高攀龍的思想與殉節〉，《國立中央大學人文學報》，第37期，頁29-67
18.吳振漢，2009，〈明末山人之社會網絡和遊歷活動－以何白為個例之研究〉，《漢學研究》，第27卷第3期，頁159-190。
19. 吳振漢，2009，〈明儒高攀龍的思想與殉節〉，《中央大學人文學報》，，第三十七卷第三期，頁29-67。
20. 吳振漢，2010，〈嘉靖朝錦衣衛首長之職權與活動－以陸炳（1510-1560）為例〉，《中央大學人文學報》，第四十二期，頁45-81。
21. 吳振漢，2010，〈從日記到野史－文震孟、文秉父子的史事傳承〉，《史匯》，第十四期，頁1-5。
22. 吳振漢，2012，〈明儒李邦華的治世與殉國〉，《輔仁大學歷史學報》，第二十八期，頁71-102。
23. 吳振漢，2013，〈黃宗羲的南明史學〉，《中央大學人文學報》，第56期，頁29-61。
24. 吳振漢，2015，〈晚明史家的競合關係—以徐學謨、王世貞為例〉，《史匯》，第十八期，頁1-30。
貳、專書及專書論文
1. 吳振漢，1992，《國民政府時期的地方派系》，台北：文史哲出版社。
2. 吳振漢、周樑楷、胡昌智編著，1995，《史學導論》，台北：空中大學。
3. 吳振漢、段昌國、林滿紅、蔡相輝編著，1997，《現代化與近代中國的變遷》，台北：空中大學。
4. 吳振漢主編，2004，《大溪鎮志》，桃園：大溪鎮公所。
5. 吳振漢主編，2005，《大溪鎮志》，桃園：大溪鎮公所。
6. 吳振漢，2007，〈明儒胡直學行述評〉，《近代中國的社會學文化(960-1800)論文集》，台北：國立臺灣師範大學歷史學系，頁395-422。
7. 吳振漢，2009，〈明儒鄒元標的為學與用世〉，《中華文化的傳承與創新 - 紀念牟復禮教授論文集》，頁17-49。
8. 吳振漢，2010.4，〈嘉靖朝錦衣衛首長之職權與活動－以陸炳（1510-1560）為例〉，《中央大學人文學報》，第四十二期，頁45-82。
9. 吳振漢，2010.9，〈從日記到野史－文震孟、文秉父子的史事傳承〉，《史匯》，第十四期，頁1-5。
10. 吳振漢，2013，〈清初遺民文秉之史著與史學〉，收入王次澄、齊茂吉主編《融通與新變》，臺北：華藝學術出版社，頁353-385。
參、研討會論文
1. 吳振漢，1989，〈地方志與中國社會史研究〉，「民國以來國史研究的回顧與展望」討論會，國立台灣大學。
2. 吳振漢，1993，〈明清閩浙畬族的發展〉，「明清之際中國文化的轉變與延續」討論會，國立中央大學。
3. 吳振漢，1999.04.30-05.01，〈羅洪先學行考實〉，「明清文化史國際學術研討會」，佛光人文社會學院。
4. 吳振漢，2000.04.29，〈明代後期舉貢出身文官之仕途〉，「明人文集與明代研究學術研討會」，國家圖書館。
5. 吳振漢，2005.12.16-17，〈明儒胡直學行評述〉，「近世中國的社會與文化國際學術研討會」，國立臺灣師範大學。
6. 吳振漢，2006.11.19-21，〈明儒鄒元標的為學與用世〉，「中國文化研究的傳承與創新—紀念牟復禮教授國際學術研討會」，中央大學歷史所、耶魯大學東亞語言與文學學系暨普林斯頓大學東亞研究學系合辦。
7. 吳振漢，2007.10.27-30，〈明儒李祁華的治世與殉國〉，「全球化下明史研究之新視野國際學術研討會」，台北：東吳大學，南投：暨南國際大學。
8. 吳振漢，2012年3月27、28日，〈遺民史家文秉之研究〉，「世變下的中國知識份子與文化學術研討會」，桃園：中央大學。
9. 吳振漢，2012年11月27-28日，〈清初遺臣史家李清之明史學〉，「明清學術與儒學學術研討會」，國立中央大學。
10. 吳振漢，2013年10月31日至11月1日，〈夏允彝的師友與史學〉，「世變下的中國知識分子與文化」，國立中央大學。
11. 吳振漢，2012.11.27-28，〈清初遺臣史家李清之明史學〉，「明清學術與儒學學術研討會」102年度國際學術交流座談會，國立中央大學。
12. 吳振漢，2013.10.31-2013.11.1，〈夏允彝的師友與史學〉，「世變下的中國知識分子與文化」，國立中央大學。
13. 吳振漢，2015.12.4-5，〈翰林史家黃景昉的明史論述〉，「再現明清風華國際學術研討會」，國立中央大學。
14. 吳振漢，2016年5月13-14日〈書生論政─許重熙《五陵注略》事件之探討〉，「變動中的東亞：跨域視野的觀察國際學術研討會」，國立中央大學。
肆、其他
一、國科會報告
1. 吳振漢，1990，〈九一八事變以來東北人士的流亡意識〉，國科會研究計劃成果報告(NSC-79-0301-H008-02)。
2. 吳振漢，1991，〈北伐以來廣西人士的疏離意識〉，國科會研究計畫成果報告(NSC-80-0301-H008-05)。
3. 吳振漢，1992，〈辛亥革命以來山西人士的保守意識〉，國科會研究計畫成果報告(NSC-81-0301-H008-06)。
4. 吳振漢，1993，〈國民革命以來廣東人士的正統意識〉，國科會研究計畫成果報告(NSC-82-0301-H008-003)。
5. 吳振漢，1994，〈國民政府時期中央與地方之間的聯絡人〉(I)(華中地區)，國科會研究計畫成果報告(NSC-83-0301-H008-002)。
6. 吳振漢，1995，〈國民政府時期中央與地方之間的聯絡人〉(II)(華北地區)，國科會研究計畫成果報告(NSC-84-2411-H008-001)。
7. 吳振漢，1996，〈國民政府時期中央與地方之間的聯絡人〉(III)(華南地區)，國科會研究計畫成果報告(NSC-85-2411-H008-001)。
二、學位論文
1. 吳振漢，1982，〈明代奴僕的研究〉，台北：國立台灣大學歷史研究所碩士論文。
2. Cheng-han Wu, 1988, “The Temple Fairs in Late Imperial
China,” Ph. D. dissertation, Princeton University.
